明代对孙子兵学的研究取得不少成果，在应用孙子兵学理论方面，不乏成功案例。不仅许多军事家较为深入地研究过孙子兵学思想，一些文人学者也提出了独到见解。明代成书的千余部兵书中，有关《孙子兵法》的就有200多部。
朱元璋率先示范
明太祖朱元璋的用兵思想与孙子兵学时有暗合。据现有史料显示，明太祖朱元璋曾数次和大臣共同讨论孙子兵学要义。重视“先知”和“以奇胜”，成为朱元璋击败各路豪强势力、一统天下的重要法宝。
至正二十三年（公元1363年），朱元璋打败陈友谅后，曾和部下谈论兵法，指出“伐谋而制胜”，认为“以正应，以奇变”和“奇正之用合宜”才是百战百胜的用兵之道。在与句容儒士戎简会面时，朱元璋又引用《九变篇》中“穷寇勿迫”一语，解释不对陈氏集团穷追猛打的原因：
“兵法曰：‘穷寇勿迫。’若乘胜急追，彼必死斗，杀伤必多，吾故纵之，遣偏师缀其后，恐其奔逸。料彼创残之余，人各偷生，喘息不暇，岂复敢战？我以大军临之，故全城降服。一者我师不伤，二者生灵获全，三者保全智勇，所得不亦多乎？”
就“穷寇勿迫”，朱元璋总结了3条益处，即“我师不伤”“生灵获全”和“保全智勇”，可见其对孙子兵学有着深刻领悟。在指示名将徐达如何处置降卒时，朱元璋也曾以孙子“不战而屈人之兵”作为要求：“能不战而屈之，乃为上智尔。”
朱元璋对史籍所载孙子事迹表示过怀疑，甚至批评过孙子的诡诈之术。但在实际用兵中，他非常重视孙子的情报先行原则，同时也善于使用火攻挫败对手，很好地诠释了孙子的用兵要义。
文臣武将跟进研究
朱元璋的重视，为《孙子兵法》在明代的传播打下了基础。洪武三十年（公元1397年），兵部复刻元版《武经七书》，供将帅学习之用。建文帝初立武举，英宗时期正式推行武举，有关武举的各项制度逐步走向规范化。张居正主政期间，亲自增订《武经直解·孙武子直解》，试图为武举提供较为准确的教科书，充分反映出他对武举的重视。通过武举的推广，《孙子兵法》得到更为广泛的传播。明代有关《孙子兵法》的书籍甚多，不少流传至今，与官方的重视不无关系。
相比宋代，明代的武学科考更加规范和制度化，为应付策试而刊印的讲义之类，也逐渐发展起来。刘寅的《武经直解》甚至被官方钦点为教材，成为法定的军事教科书，取得了无可替代的地位。刘氏此书，连同赵本学的《孙子书》等，至今仍是人们研究《孙子兵法》的重要参考书。除此之外，郑灵、陈天策、曹允儒、黄献臣、李贽、何守法等人的注本，也都曾影响一时，对于研习《孙子兵法》不乏参考价值。
明代还产生了《火攻备要》《火攻挈要》等系统论述火攻战法的兵书，在祖述《孙子兵法·火攻篇》的同时，也吸收西方先进的火器战法，学习和借鉴西方的火攻理论。这对明代战术的丰富和战法的变革，都起到了重要作用。在军事科技飞速发展的明代，《孙子兵法》的兵学理论不仅没有过时，反而得到了更大程度的发挥，地位更加凸显。
明代著名抗倭将领胡宗宪、俞大猷、戚继光等人，将研习《孙子兵法》与自己长期抗倭的军事斗争实践相结合，对孙子兵学思想既有继承也有发展。其中最为著名的要数戚继光。从他留下的《纪效新书》《练兵实纪》等军事著作中，可以看到其系统研读《孙子兵法》，受到深刻影响的痕迹。戚继光的治军思想及用兵谋略等，也都可以从孙子兵学思想中找到源头。
文人学者深度参与
明代文人中，许多都喜研习兵书，如王阳明、李贽等都曾深入研究《孙子兵法》。王阳明是明代著名思想家和军事家，从他的军事活动实践和著述中，可见他对《孙子兵法》有过研究，而且善于在战争实践中加以运用。在《武经七书评》中，王阳明对《孙子兵法》和《吴子》等兵经也有要言不烦的评点。李贽注释《孙子兵法》的作品名曰《孙子参同》，至今仍是研究《孙子》的重要参考书。
明代兵书不少出自文人之手，体现出宋代文人论兵传统的延续。其中较为著名者，要数何守法模仿《孙子兵法》著述的《投笔肤谈》。是书结合历代战例阐发孙子兵学思想，不失为一部有思想和有价值的兵书。何守法特地将篇数凑成十三篇，甚至每一篇的篇名都以《孙子兵法》作为参照，受《孙子兵法》影响的痕迹非常明显。
除此之外，还有一些兵书与《孙子兵法》有紧密联系。《草庐经略》被誉为“谈兵者不可缺少之书”，对于《孙子兵法》有所继承和补充。比如其对“奇正”的研究就很有心得，既总结常法，也揭示变法，并指出“奇正”的相互转化之术。
《武备志》是明代茅元仪所辑录的一部大型军事学类书，其对《孙子兵法》作过这样的评价：
“先秦言兵者六家，前孙子者，孙子不遗，后孙子者，不能遗孙子。谓五家为孙子注疏可也。”
茅元仪将包括《司马法》《六韬》在内的其他五种先秦兵书，都当成《孙子》的注疏文字，早于《孙子》的，被《孙子》充分吸收，晚于《孙子》的，则都无法逃出《孙子》的藩篱。仅就中国古代军事思想的发展而言，这几句话未尝不是允当之语。
